Zunächst ist das in kleinen Tropfen austretende Baumharz dunkelbraun. Im Laufe der Ernteperiode wird es heller, bis es fast weiß ist. Die hellen Weihrauchsorten gelten bis heute als die edelsten. Die Qualität von Weihrauch bemisst sich seit jeher am Gehalt der ätherischen Öle. Auch der Erntezeitpunkt oder das Wetter beeinflussen den Duft des Weihrauchs. Auch die Reinheit des Weihrauchs ist ein bedeutendes Qualitätsmerkmal. Die manuelle Reinigung der Weihrauchtropfen von winzigen Rindenpartikeln schlägt auf den Preis der besten Qualitäten. Die Größe der Weihrauchtropfen wird unterschiedlich bewertet. Große Tropfen gelten als wertvoller.

Die Farbe des Weihrauchs ist hingegen nicht immer als qualitätsmindernd anzusehen. So kommen von jungen Weihrauchbäumen grünliche Weihrauchqualitäten in den Handel, zum Beispiel vom Hougari-Weihrauch aus dem Oman. Goldgelb eingefärbte Weihrauchstücke sind balsamisch. Sie strömen einen intensiven Duft aus. Hingegen bemerkt man bei den weißlichen Weihrauchbrocken oft eine intensive Zitrus-Note. Die dunklen Weihrauch-Qualitäten wurden früher wegen behaupteter Minderwertigkeit und geringerer Aromadichte nicht in den Handel gebracht. Heutzutage ist der Bedarf weltweit so groß, dass alle Weihrauch-Qualitäten ihre Abnehmer finden.

Ätherische Öle spielen vor allem bei der Verräucherung eine Rolle. Beim Weihrauch als Naturheilmittel kommt es mehr auf den Gehalt an Boswellin-Säuren an. Diese kommen besonders bei der Sorte Boswellia Serrata vor, deren Harz deshalb überwiegend zu Heilzwecken geerntet und gehandelt wird.