Weihrauchextrakte sind auch in der Tiermedizin in Verwendung. Haustiere wie Hunde und Katzen sowie Pferde, Kaninchen und Meerschweine können bei menschenähnlichen Krankheitsbildern damit behandelt werden. Hier wird allerdings geraten, spezielle Weihrauchpräparate für Tiere zu verwenden. Diese sollten echten Weihrauch enthalten.

Eingesetzt werden die Weihrauch-Präparate beispielsweise beim erstmaligen Auftreten eines Tumors, bei Allergien, Erkrankungen im Maul- und Rachenraum, bei Magen-Darm-Beschwerden, Gelenk- und Hautentzündungen oder Arthrose. Ohne tierärztlichen Rat sollten Weihrauchpräparate wegen möglicher Wechselwirkungen nicht zur Mitbehandlung eingesetzt werden. Das Weihrauchgranulat kann einfach unter das Futter gemischt werden, sofern es fein genug ist. Der intensive Duft kann die Tiere aber vom Fressen abhalten. In diesem Fall können die Weihrauchperlen auch in Wasser gelöst und gegebenenfalls per Spritze direkt ins Maul verabreicht werden.

Verzichten sollten Tierbesitzer auf Räucherungen mit Weihrauch in geschlossenen Räumen. Der Geruchssinn vieler Tierarten ist sehr viel ausgeprägter als unserer. Zudem enthält auch der Rauch des Weihrauchs kanzerogene Stoffe wie Teer. Zum Schutz der Tiere sollten diese nicht in dem Raum anwesend sein, in dem mit Weihrauch geräuchert wird.