Weihrauchkapseln gelten in Deutschland als Phytopharmaka bzw. frei verkäufliche Fertigarzneimittel. Wichtig für den Anwender ist, nur hochwertige Weihrauchkapseln von einem verlässlichen Hersteller zu kaufen. Ausländische Produkte sind oft gepanscht, gefälscht oder enthalten Schadstoffe wie Schwermetalle oder Lösungsmittelrückstände in unbekannter Menge.

Hilfs- und Zusatzstoffe sollten außerdem vermieden werden. Bislang ist kein Zusatzstoff bekannt, der die Wirkung von Weihrauch begünstigen könnte. Die Kapselhüllen bestehen üblicherweise entweder aus Gelatine oder aus veganem Zellstoff (Hydroxypropylmethylcellulose, oder kurz HPMC).

Üblicherweise gelten Dosierungen von 300-500 Milligramm, verteilt auf zwei oder drei Portionen, als angemessene Tagesration. Jeder Hersteller gibt diesbezüglich aber eigene Anweisungen heraus, abhängig von der Dosierung und Zusammensetzung seines Weihrauchpräparats. Da die Anwendungs-Bandbreite hoch ist und jeder Mensch individuell, sind auch deutlich abweichende Dosierungen nicht selten. Hirntumorpatienten zum Beispiel, die häufig Weihrauchkapseln anwenden, um Ödeme zu verhindern, nehmen oft erheblich höhere Dosierungen von 4000mg und mehr ein. Nebenwirkungen wurden dennoch nicht berichtet.

Da der Kapselinhalt fettlöslich ist, sollten die Weihrauchkapseln unmittelbar vor einer Mahlzeiten mit Wasser eingenommen werden. Entscheidend für die Qualität von Weihrauchkapseln ist der Gehalt an Boswelliasäuren.

Der Weihrauch des indischen Weihrauchbaumes Boswellia serrata, der im deutschen Arzneibuch eingetragen wurde, gilt er als der hochwertigste pharmakologisch wirksame Weihrauch. Die Wirkung der pharmakologischen Inhaltsstoffe tritt meist nicht sofort, sondern erst nach einer längeren Zeit der Einnahme ein. Das hat zum Teil mit der Bioverfügbarkeit der Boswelliasäuren zu tun, zum Teil aber auch mit anderen Faktoren wie der Dosierung, Qualität oder Wirkstoffdichte der Weihrauchkapseln.