Bereits das altindische Medizinsystem Ayurveda beschrieb die medizinische Verwendungen der indischen Boswellia-Harze. Der indische Weihrauch schaffte es sogar ins Europäische Arzneibuch. Auch die Traditionelle Chinesische Medizin nutzte Weihrauch in verschiedenen Kontexten. Beide sahen den Weihrauch als nützlich beim Leberschutz. Selbst die liturgische Verwendung von Weihrauch hatte einen medizinischen Nebennutzen. Die aromatischen Duftschwaden wirkten reinigend, wo immer große Menschenmengen sich versammelten. Möglich, dass dabei die desinfizierenden Weihrauch-Effekte bewusst genutzt wurden, um gefährlichen Epidemien durch Pest-, Grippe- oder Cholera-Erreger vorzubeugen. Aus demselben Grund erklärt sich, warum Bauern gelegentlich ihre Viehställe mit Weihrauch ausräucherten.

Ein Grund für die medizinisch relevanten Wirkungen von Weihrauch ist erneut seine Zusammensetzung. Bei den ätherischen Ölen sind Terpenalkohole bzw. das Olibanol, sowie Pinen, Dipenten und Phellandren zu nennen. Im Harzanteil verbirgt sich die medizinisch wirksame Boswelliasäure. Bereits früh in der Geschichte der Pflanzenheilkunde erkannten die damaligen Ärzte, dass alle Bestandteile des Weihrauchs einen medizinischen Nutzen hatten. Die ätherischen Öle wirkten krampflösend, antibakteriell und desinfizierend. Die Boswelliasäure wurde und wird heute vor allem bei entzündlichen Prozessen oder allergischen Reaktionen eingesetzt.  Die entzündungshemmende Wirkung bringt oft auch einen schmerzlindernden Effekt mit sich.